Existem três tipos de instalação em um pendrive.
1) Normal é como um LiveCD. Quando você reiniciar, todas as "alterações" serão perdidas.
2) Com Persistência é como ter uma partição Home no bastão. Você pode salvar ALGUM material na partição persistente. Nem tudo será salvo.
3) Uma instalação completa. Se o seu USB é grande o suficiente. Todas as alterações devem ser salvas.