Eu tive o mesmo problema. Isso resolveu:
sudo chmod u+s /usr/lib/squid3/pam_auth
Parece que o pam_auth precisa de permissões especiais para outros usuários. squid3 correu com o usuário "proxy". Eu mudei para este usuário com su -u squid e testei /usr/lib/squid3/pam_auth . Ele retorna OK se tiver o nome de usuário e a senha separados por um espaço quando executado como o mesmo usuário ou raiz.