Você pode usar auditd para encontrar o processo que está alterando as permissões:
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sudo apt install auditd -
sudo auditctl -a exit,always -F path=/etc/shadow -k "etcshadow" - [aguarde até que as permissões sejam alteradas]
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sudo ausearch -i -k etcshadow
Isso instalará o pacote auditd e registrará uma regra de auditoria para /etc/shadow sob o nome etcshadow . O último comando é pesquisar no banco de dados de eventos de auditoria as entradas criadas pela regra registrada anteriormente.