Pode ser qualquer um dos motivos, depende do usuário e da fonte.
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Código aberto. Os pacotes nos repositórios do Ubuntu são de código aberto. Os outros que você mencionou podem ser empacotados em um .deb, mas não em um código aberto.
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Patches. O kernel vem à mente aqui, você pode baixar um kernel de vários locais, mas ele pode não ter os patches do Ubuntu.
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Compatibilidade. Só porque é um .deb não significa que será compatível com o Ubuntu.
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Qualidade. Isso se sobrepõe a # 3 - pode-se converter um rpm - > deb com alien por exemplo, mas onde está o controle de qualidade?
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Confiança - Isso depende do seu limite de paranóia pessoal. Existem usuários com paranóia suficiente para não confiar nos repositórios do Ubuntu. Outros confiam no Ubuntu, mas não em um blob binário de código fechado.
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Suporte. Você receberá o mínimo ou nenhum suporte do Ubuntu em .deb de outro lugar. Menos com os blobs de fonte fechada (varia com a popularidade do produto).
Meu conselho geral é que, se estiver nos repositórios, você estará melhor usando os repositórios do Ubuntu.
Se não, IMO, é melhor você compilar a partir da fonte. Implícito em fazer isso é pelo menos uma revisão superficial do código. Sim, é irreal esperar que os usuários finais possam entrar e começar a revisar o código-fonte, mas nada de errado em começar. Você vai pegar em grandes problemas (o código não irá compilar) fora do bastão.
Se o código-fonte não estiver disponível, e tudo que você tem é um .deb, tudo depende da confiança.