UPDATE
A questão permanece, mas progredi em uma solução alternativa. A questão central é que você está inicializando com 4 desktops, mas o compiz quer que você use 4 viewports. Uma solução alternativa é definir o número de desktops como 1 e permitir que o compiz assuma o controle.
sudo apt-get install wmctrl
Em seguida, execute
wmctrl -n 1
quando você faz login pela primeira vez usando seu método de escolha (aplicativos de inicialização ou edição de /etc/rc.local seriam algumas opções).
Isso levará você ao modo "1 desktop, 4 viewports" para que você possa ignorá-lo manualmente, conforme descrito abaixo
Mensagem original
Eu tenho lutado com essa questão também, e embora eu ainda não tenha uma resposta, eu tenho algumas anotações e fiz algum progresso moderado.
Parece que há dois gerentes de espaço de trabalho concorrentes em jogo. Na primeira inicialização, terei sempre quatro espaços de trabalho (1x4) e, ao passar o mouse, cada espaço de trabalho declarará um número exclusivo (por exemplo, 'Espaço de trabalho atual: "Área de trabalho 2"'). Clicar nas áreas de trabalho 2-4 resultará no comportamento mencionado acima, os painéis desaparecem e você fica com apenas uma imagem de fundo e aparentemente não há como retornar ao espaço de trabalho 1.
Descobri que iniciar a janela de execução Alt + F2 retornará ao espaço de trabalho 1, para que você não precise reinicializar.
Se você clicar com o botão direito do mouse no alternador de espaço de trabalho, selecionar preferências e alterar o número de espaços de trabalho para 1, o compiz assumirá e visualmente você passará de 2 espaços de trabalho "para baixo" para 4 (supondo que você tenha definido espaços de trabalho como eu faço). Agora, no entanto, pairando em qualquer um dos espaços de trabalho será mostrado como "Workspace 1". Todos os efeitos e recursos do compiz parecem funcionar neste momento. Eu joguei com diferentes configurações de espaço de trabalho no compiz, e desde que o gerenciador de espaço de trabalho "primário" esteja configurado para 1, as configurações serão exibidas; em dois ou mais substitui o compiz e apenas o espaço de trabalho 1 é utilizável.
Eu tentei definir o número de espaços de trabalho como 1 através do Conf Editor /apps/metacity/general/num_workspaces
e, embora o valor seja salvo, ele não tem efeito durante as reinicializações.
Eu noto que não consigo arrastar um programa entre espaços de trabalho. A troca de menu de contexto (Move to Workspace Right, por exemplo) funciona, mas basicamente o alternador de espaço de trabalho no canto reconhece todos os quatro espaços de trabalho do Compiz como sentados dentro de "um espaço de trabalho", portanto não funciona.
Então, para mim, ao fazer o primeiro login, clico com o botão direito do mouse no alternador de espaço de trabalho, preferências, defino os espaços de trabalho para 1 e, a partir disso, estou pronto até a reinicialização. Um pouco doloroso, mas estou vivendo com ele enquanto ainda procuro por uma solução melhor.
Espero que esta informação ajude