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Eu não aconselharia. O Ubuntu e o KUbuntu estão tendo bibliotecas e programas compartilhados diferentes (aqueles que são reletados pelo ambiente). Instalá-los separadamente seria uma ideia muito melhor. Você sempre pode fazer uma experiência, mas não posso dizer qual será o resultado.
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Quando se trata de separar o sistema em várias partições, é muito útil ter / home, / e swap separados (você pode reinstalar o sistema e ter todos os dados e configurações como estavam antes). A menos que você saiba exatamente o que e por que você está fazendo, não há sentido na separação do futuro.