Criptografe-os (talvez apenas use o utilitário padrão para compactá-los e use uma senha, ou até várias camadas) e coloque-os em algum lugar onde você saiba onde eles estão, mas outros não, se quiser mantê-los ocultos em seguida, dê a eles nomes que não os façam parecer fora do comum, você também pode colocar um . infront de cada no nome do arquivo para torná-los ocultos nos sistemas de arquivos Linux e Unix.
Embora normalmente você será solicitado a definir uma frase secreta para eles, para que eles já tenham sido criptografados.
Eu apenas armazeno o meu no GNOME Keyring, que os mantém razoavelmente bem protegidos e criptografados. Mas então as pessoas sabem onde encontrá-las, então é realmente sua escolha.