Para mim no Ubuntu 16.04, com interface Unity, a tecla F3 é passada para o aplicativo com foco. Nos navegadores FireFox e Chrome, a tecla F3 invoca a função Localizar e aparece uma barra de pesquisa.
Você pode usar F3 em uma tecla de atalho:
(E como desassociá-lo para que outra aplicação possa usar essa chave?)
Quando eu pressiono F3, recebo um pequeno painel sem ação:
Nada mais parece acontecer, mas o Ubuntu está interceptando este pressionamento de tecla quando tento usá-lo no Emacs (verificado por C-h1).
Estou no 16.04 Cinnamon e, até onde sei, isso não depende de nenhuma outra coisa instalada. (O Emacs é a primeira coisa que eu coloco em novas instalações.) Eu estou usando um teclado Kinesis e verifiquei que não há nada estranho acontecendo com minhas ligações naquele final (ou seja, Ctrl + < kbd> Alt + F3 ainda faz o que deve fazer).