Existe um risco mínimo para os outros sistemas Windows montando a (s) unidade (s) no Ubuntu e copiando os dados para / a partir deles. Existe um risco mais para as partições específicas que você está montando e, se não forem as outras partições do sistema do Windows, elas não afetarão os próprios sistemas Windows específicos. Considere que isso é algo feito regularmente para discos rígidos de grande porte que não são formatados no Mac OS (HFS, HFS + etc.), mas eram formatados com NTFS de fábrica.
Entretanto, é necessário certificar-se de desmontar corretamente as unidades antes de conectá-las ao Windows (ou desconectá-las do Ubuntu) para evitar problemas com erros de sistema de arquivos incorretos no NTFS etc. No entanto, se você ejetar as unidades corretamente (ou basta "desligar" normalmente), então será devidamente desmontado e, como tal, não introduzirá problemas.