O aviso não é um problema.
Ele está apenas avisando que a ferramenta fdisk
não funciona em discos que usam GPT para partições. Ele só funciona em discos usando as partições mais antigas do MBR (estilo DOS).
No entanto, como diz o aviso, parted
(uma alternativa ao fdisk) funciona para discos que usam tipos de partição GPT.
O aviso não está relacionado ao espaço livre de 1 MB. Esse espaço livre (que na realidade será um pouco menor que 1 MB) está lá apenas para garantir que as partições se alinhem em limites de 1 MB na unidade, o que geralmente é uma boa ideia para desempenho em unidades mais recentes, como SSDs.