Qual versão do VirtualBox você está usando? Eu tive problemas com a entrada de áudio no último estável 5.2.8 (convidado do Ubuntu 16.04, host do Windows 10), revertendo para o 5.2.6 fez com que funcionasse bem novamente (eu nem precisei reverter o GA).
Encontrou um ticket no rastreador de bugs do VirtualBox também: link