Você provavelmente esqueceu de alterar a propriedade do diretório pessoal para o usuário depois de criá-lo. Você faria isso usando o comando chown
.
Considere o uso de pam_mkhomedir para que isso seja feito automaticamente.
Além disso, considere configurar seu sistema de forma que ele importe os IDs de usuário do seu servidor. Se houver um sistema kerberos, eu diria que existe também algum tipo de servidor LDAP que oferece informações de conta via rede. Então você não teria que configurar cada conta individualmente.