Você pode instalar o Gerenciador de configurações do CompizConfig ( CCSM ) para realizar isso.
Abra um terminal pressionando Ctrl + Alt + T e digite
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Após a instalação, abra seu traço e digite ccsm
.
Use o filtro de pesquisa para encontrar o Ubuntu Unity Plugin
. Na guia Experimental , vá para Opacidade do painel e reduza o valor até que a transparência seja do seu agrado.
É isso aí, você acabou!