Adicione --exclude=".svn" como uma opção assim:
$ diff -r --exclude=".svn" src1/ src2/
diff tem uma opção --recursive ( -r ) para fazer uma comparação entre dois diretórios (os arquivos dentro deles). Existe uma maneira de fazer diff ignorar certos subdiretórios (por exemplo: .svn)?
$ diff -r src1/ src2/
diff --exclude=.svn ...