Se você deseja excluir uma estrutura de pastas longa e complicada do prompt de comando que o RmDir não tocará e nem mesmo o Explorer pode exibir, descobri que o robocopy pode ser muito eficiente na remoção da estrutura.
No exemplo abaixo, temos uma estrutura massiva dentro do administrador da pasta, a estrutura é tão profunda que nada pode removê-la.
Criamos uma nova pasta vazia chamada (estranhamente!) "Nova pasta".
Em seguida, usamos o comando robocopy, informando que a pasta de origem é "nova pasta" e a pasta de destino é "D: \ Administrator" com o parâmetro / MIR, o que significa que limpará tudo que não estiver na pasta de origem.
robocopy "D:\new folder" D:\Administrator /MIR
Nesse caso, os caminhos das pastas eram tão longos que nem caberiam na janela do prompt de comando Screen Buffer, mas o Robocopy percorrerá a estrutura e removerá quaisquer arquivos e pastas "extras" (ou seja, qualquer coisa que não esteja na nova pasta vazia, que é tudo).