Ninguém mencionou isso ainda, mas portas USB 3.0 podem causar problemas com certas mídias de instalação ( cough Windows 7 cough ) onde somente USB Os drivers 2.0 são fornecidos na mídia de instalação.
Outro ponto-chave mencionado por @togh é que o USB 3.0 requer uma grande quantidade de largura de banda, o que pode congestionar o PCI-E existente faixas se todas as portas USB 3.0 estiverem em uso. Usar o 2.0 (com menor largura de banda) permite que mais dispositivos sejam usados (o que pode não necessariamente exigir a largura de banda alta que o USB 3.0 oferece; por exemplo, a maioria dos dispositivos de entrada do usuário) mantendo as pistas PCI-E abertas para outros periféricos.