Se o seu computador tiver uma CPU com instruções de 64 bits, não importa quais sistemas você possui no seu computador, eles não afetarão um ao outro.
Se a sua CPU tiver instruções de 64 bits, você poderá executar qualquer sistema de 32 ou 64 bits.
Eles não vão interferir um com o outro.
Mesmo que seja difícil instalar o Windows depois de instalar o Ubuntu, é muito mais fácil instalar o Windows e depois instalar o Ubuntu, já que o Ubuntu irá configurar o dual boot para você, mas o Windows irá bagunçar sua inicialização.