A resposta a seguir aplica-se apenas ao WSL no Windows 10 1703 e 1607. O WSL no Windows 10 1709+ pode ser instalado a partir do aplicativo UWP da Windows Store.
Se você quiser remover e redefinir o subsistema Linux, abra um prompt de linha de comando com permissões elevadas e digite os seguintes comandos:
lxrun /uninstall /full
lxrun /install
Fontes: