Como o dlux disse:
Configurações \ Preferências, em seguida, a aba MISC e desmarque Ativar em "Detecção automática de status do arquivo".
Mas gostaria de acrescentar algo. Existe um plugin muito legal chamado 'Document Manager'. Faça o download do plug-in 'Document Manager' do Gerenciador de plug-ins (Plugins- > Plugin Manager- > Show Plugins), você pode selecionar documentos individuais que gostaria de atualizar silenciosamente regularmente, habilitando-os para eles usando o olho ícone na barra de menus. Parece um pouco buggy e às vezes não atualiza quando deveria, mas geralmente faz um bom trabalho. E, novamente, você ainda precisa desabilitar a detecção automática de status de arquivos ou ainda receber alertas.