Os 'parceiros' são empresas que fornecem software aprovado pela Canonical, mas para o qual a comunidade Ubuntu não está fornecendo atualizações. Essa é a responsabilidade dos próprios parceiros. A comunidade, no entanto, fornece os pacotes de instalação (constrói os pacotes). Por exemplo, a Adobe costumava ser um parceiro.
Independente são essencialmente provedores que não são parceiros.
Você pode assumir que isso é seguro. Você só precisa ser cauteloso para os repositórios que adicionou sozinho.