O comando da linha de comando do Windows "net stop beep" desligará o bip e "net start beep" ativará o bipe. Fonte
Deve-se notar que a instrução pára o bipe globalmente no Windows e não apenas dentro do shell de comando do Windows. Além disso, o serviço será executado novamente quando você reiniciar o computador.
A resposta de Ady será suficiente. Mas se você quiser apenas desabilitá-lo por instância, você sempre pode colocar este método em um arquivo de lote (mas é tão curto que você pode simplesmente digitá-lo) e executá-lo.