cp -rf /source/path/ /destination/path/
-r = recursivo, copia todos os subdiretórios
-f = force, se um arquivo de destino existente não puder ser aberto, remova-o e tente novamente
Observação Você deve ser cuidadoso ao usar o sinal -f , pois ele substituirá à força qualquer coisa para a qual você copiar. Obrigado @Nifle por esta sugestão.
Você pode querer usar o curinga * para copiar todos os arquivos no diretório, se precisar.