Em 14.04, clementine
ainda está usando os plugins gstreamer0.10 e desde ape o suporte é fornecido pelo plugin ffmpeg que você precisa para configurar o seguinte PPA para tocar ape :
sudo apt-add-repository ppa:mc3man/trusty-media
sudo apt-get update
sudo apt-get install gstreamer0.10-ffmpeg
Eu testei ambos vlc e clementine ao mesmo tempo usando este arquivo de amostra (sh3.ape) e funciona perfeitamente: