Você pode usar os dois. Antes de abandonar minha coleção de desktop, eu costumava limpá-los usando um compressor de ar de seis litros e um vácuo. O ar comprimido é muito melhor no deslocamento do pó. Como Nanne disse, no entanto, não faça seus fãs girarem muito rápido ou você estará gerando corrente para ser enviado para sua mobo. Eu costumo usar um dedo para segurar o ventilador no lugar enquanto estou soprando com ar.
De qualquer forma, a menos que você tenha um espaço longe de onde os computadores normalmente vivem para limpar seus interiores, você vai querer usar um aspirador para sugar toda a poeira desalojada pelo ar comprimido. Caso contrário, você só vai acabar com um monte de poeira no ar que os computadores vão puxar de volta para o chassi depois de ligá-los novamente. Eu uso rajadas de ar para dar tempo ao vácuo para pegar poeira.
Sem vácuo, use ar comprimido em uma sala diferente, sem computador.
Edite sobre o vácuo: você não quer chegar perto o suficiente para zapar eletrônicos; como outros mencionaram, esses bicos (especialmente de plástico) podem gerar carga suficiente para zapear as coisas. Você só quer capturar a poeira expelida pelo ar comprimido, não limpar os componentes diretamente. Obrigado a todos que apontaram isso.