Uma chave de fenda magnética pode danificar certos componentes que operam a partir de campos magnéticos. O caso clássico era o antiquado gravador de fita (dados ou áudio) que precisava ser "desmagnetizado" sempre que você trabalhasse perto dele com ferramentas ferrosas, mesmo que não fossem magnetizadas.
Claro, ninguém usa gravadores de fita e, na maioria das vezes, coisas como unidades de disco são totalmente fechadas agora e relativamente insensíveis a campos magnéticos externos. No entanto, eu ainda aconselho que não se use uma chave de fenda magnética ao trabalhar sobre ou em torno de um drive de disco, já que as unidades são tão finas e compactas agora que uma ponta de chave de fenda pode ficar bem próxima de uma das cabeças. E, é claro, os disquetes podem ser danificados por um campo magnético que seja strong o suficiente (possivelmente uma chave de fenda magnética colocada em cima de um disquete, por exemplo). (Não mantenha disquetes de inicialização e similares em uma caixa de ferramentas.)
Em termos de outros componentes - placas de circuitos, fontes de alimentação, unidades de CD, módulos de memória, etc. - uma chave de fenda magnética (ou qualquer tipo de ímã permanente menos potente que a usada em uma máquina de ressonância magnética) não causará danos. (Você pode, é claro, ainda causar danos aos módulos de memória e similares devido à descarga estática, mas o magnetismo não teve nada a ver com isso.)