Entendi! De alguma forma, eu acidentalmente virei "Marcar automaticamente linhas de prompt":
Pergunto-me se essa configuração está armazenada em disco, como também tentei:
- Excluindo
~/Library/Preferences/com.apple.Terminal.plist
- Executando o Terminal da minha partição do Yosemite (não mostrei as marcas)
- Extraindo uma nova cópia do Terminal do instalador do El Capitan (mostrada as marcas)