Eu tive, talvez um problema parecido, pensei em falar sobre o que eu fiz que parece ter funcionado. BTW, estou usando um trackball sem fio da Logitech no Ubuntu 10.04.
Meu problema era que o botão esquerdo do mouse sem fio do trackball da Logitech me dava muitos problemas. Às vezes, seria severo, às vezes quase imperceptível. O clique às vezes se registrava como um clique esquerdo, às vezes se registrava como um clique duplo e, muitas e muitas vezes, não registrava nada. Arrastar e soltar e copiar e colar tornou-se quase impossível. Eu quase nunca consegui destacar o texto. Em suma, a vida com este rato tornou-se insuportável. Esse problema afetou todos os programas e janelas.
Assumi que o problema estava com o mouse, mesmo que eu o tenha tido apenas desde junho ou julho deste ano (2010). Concentrei meus esforços na tentativa de consertar o mouse. No final, eu essencialmente arrastei esse mouse tentando fazer funcionar, mas sem sucesso.
Finalmente, parei de usar o mouse completamente e mudei para um trackball com fio que nunca havia me dado nenhum problema antes. No entanto, depois de usar o mouse com fio por alguns dias, comecei a perceber que estava tendo exatamente o mesmo problema. Então, percebi que, com toda a probabilidade, isso é um problema com 10.04.
Depois de procurar por algum tempo on-line tentando encontrar uma solução que funcionou para mim, me deparei com o post acima sobre o uso do metacity --replace. Então, com base nisso, eu tinha certeza de que o Compiz era a raiz dos meus problemas de mouse. Depois de brincar com o Ubuntu Tweak, uma das opções do menu, "Ativar o recurso de composição do Metacity", mencionou que eu tive que desativar manualmente os efeitos visuais na aparência.
Então, depois de desativar os efeitos visuais (Sistema > Preferências > Aparência > Efeitos visuais, selecione Nenhum), o mouse repentinamente volta a funcionar. Eu não sei se isso será uma solução permanente ou se vai começar a me dar problemas novamente, mas eu pensei em mencionar essa solução.