Se você é um "Usuário Padrão" pela definição da Microsoft, você deve manter os 4096 bytes padrão. Basicamente, o tamanho da unidade de alocação é o tamanho do bloco no disco rígido quando ele formata o NFTS. Se você tiver muitos arquivos pequenos, convém manter o tamanho da alocação pequena para que o espaço no disco rígido não seja desperdiçado. Se você tiver muitos arquivos grandes, mantê-lo maior aumentará o desempenho do sistema com menos blocos a serem procurados.
Mas, novamente, hoje em dia a capacidade do disco rígido está ficando cada vez maior, fazendo pequenas diferenças, escolhendo o tamanho correto de alocação. Eu sugiro que você apenas mantenha o padrão.
Lembre-se também de que a maioria dos arquivos é relativamente pequena, os arquivos maiores são grandes, mas pequenos em unidades.