Eu não tenho uma boa solução, mas tenho uma solução. Você vê, a especificação de entrada da área de trabalho não determina o visualizador ou o tipo mime para um link. Um link pode ser uma imagem, um documento, qualquer coisa, e o visualizador correto será escolhido com base no que é o arquivo. E assim acontece que este link é aberto com um editor (e não um navegador). Você tem duas opções.
No entanto, aqui está uma pequena mudança que resultará no comportamento correto, embora seja feio. Modifique a entrada da área de trabalho assim:
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Learning Python
Type=Application
Exec=xdg-open http://proquestcombo.safaribooksonline.com/book/programming/python/9780596805395
Icon=text-html
MimeType=text/html
Name[en_US]=Learning Python
Parecerá o mesmo, mas será um lançador de aplicativos. Lembre-se de definir as permissões para executar nesse caso!