Se as suas unidades estão ficando tão quentes, provavelmente é devido a problemas de ventilação, não problemas de disco. Se você estiver tomando as providências adequadas para garantir que o computador seja adequadamente ventilado (e presumo que seu computador não seja tão antigo se estiver executando o Windows 7), pode haver algo errado com o seu computador. Tudo que eu preciso fazer é manter o meu apoiado uma ou duas polegadas e nunca fica tão quente. Se eu tiver que deixá-lo ligado durante a noite ou por um longo tempo, eu o coloco de lado. Se estiver descansando sobre uma superfície, é isso que aquece seu computador, já que frequentemente deixo meu laptop de 5 anos funcionando da noite para o dia, e isso nunca foi um problema.
Se você é o tipo de pessoa que deixa o computador inativo por algumas horas e começa a ligar e desligar novamente durante o dia, eu não recomendaria permitir que ele parasse e inicializasse seus discos continuamente. Isso é difícil em seu computador e eu na verdade danifiquei drives no passado fazendo isso constantemente, apesar de isso estar em um computador antigo, eu ouço os mais novos terem problemas similares e eu prefiro não ser tão difícil nos drives já que eles contêm trabalho valioso.