A maneira tradicional de exportar apenas parte de uma camada é usar Slices:
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Esconda as camadas sobrepostas que contenham pixels que você não deseja
exportar (se eles não se sobrepuserem à área em que você está interessado, você pode deixá-los mostrando).
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Crie uma fatia para a seção em que você está interessado, usando
o menu Layers: "New Layer Based Slice" (que é bastante automático)
ou então crie manualmente com a ferramenta Slice. Certifique-se de que o seu novo
fatia é o único que é selecionado (há uma ferramenta de seleção de fatia
ao lado do que cria fatias, no mesmo menu suspenso).
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Na caixa de diálogo Salvar para a Web, verifique se a fatia ainda está
selecionado. (Esse diálogo tem sua própria ferramenta de seleção de fatia, se necessário).
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Durante o processo de salvamento, há um menu suspenso; verifique se você
escolhidos Fatias Selecionadas para que não salve tudo.
A maioria das pessoas não usa mais fatias, já que elas foram projetadas para os dias anteriores da Web quando imagens individuais eram frequentemente cortadas e depois remontadas em HTML - raramente feitas agora. Mas ainda os acho úteis para esse propósito.
Infelizmente, a interface para fatias não foi atualizada e pode ser um pouco difícil de usar, mas veja se elas ajudam na sua situação.