Tive o mesmo problema ao configurar o servidor web e o php apache. Descobri que isso é devido ao UAC no Windows 7. Não é porque você tem o arquivo aberto em qualquer outro lugar. Tente abrir o Notepad ++ como administrador. Clique com o botão direito do mouse no atalho do Notepad ++ e escolha executar como admin ou ctrl + shift e clique no atalho do notepad ++. Em seguida, abra o arquivo que você deseja editar no notepad ++.
Isso resolveu o problema para mim.