A combinação Ctrl-Alt-Del funciona apenas quando você está no teclado físico conectado à máquina (em vez de estar conectado a uma máquina remota por meio de uma sessão SSH). Por isso, só funciona se você tiver acesso físico à máquina. Neste caso, pedir uma senha não faz sentido - você pode simplesmente usar o botão Redefinir ou mesmo desconectar a máquina da tomada da parede ou colocar uma xícara de café nela - todas essas ações serão efetivamente desativadas sem pedir uma senha.
Você pode desativar este recurso se quiser: veja Console Security no wiki do Ubuntu