Você pode ter apc.stat definido como 0
Nesse caso, a APC sempre servirá a versão em cache dos arquivos PHP, sem precisar verificar o arquivo no disco para alterações.
Você pode descobrir com um <?php phpinfo() ?>
em qualquer página.
Para alterar essa configuração, verifique o conteúdo de /etc/php5/conf.d/apc.ini
.