Eu faço exatamente o mesmo.
Se você clicar com o botão direito do mouse em uma pasta e selecionar propriedades, haverá uma caixa de seleção que diz "Verificar se há novas mensagens na pasta". É esse que você quer!
Infelizmente, não creio que exista uma maneira de fazer isso para todas as pastas de uma só vez. Você precisa realizá-las uma a uma.