Nenhuma das soluções acima funcionou para mim porque eu estava tentando importar um arquivo VDI criado no VirtualBox 3.1.6 para o VirtualBox 4.32 sendo executado em uma máquina diferente. Este é um arquivo auto-contido e não há ligação para outro VDI. Eu continuei recebendo o erro:
Parent medium with UUID {a9dccef3-45f8-45ff-835e-a2b6e7279bac} of the medium
'c:\Disks\Windows.2003.R2.Enterprise.SQL.Express.192.168.56.222.Trusted.vdi'
is not found in the media registry
Eu até importei o mesmo vdi no VirtualBox 3.1.6 e tentei usar o VBoxManage clonehd novamente para ver se consigo me livrar do erro, mas isso também não funcionou.
No final, eu simplesmente editei .VirtualBox / VirtualBox.xml manualmente adicionando
<HardDisk uuid="{43ea34ba-6d72-413e-8b37-32f475927ace}" location="C:/Disks/Windows.2003.R2.Enterprise.SQL.Express.192.168.56.222.Trusted.vdi" format="VDI" type="Normal"/>
(O uuid foi obtido usando VBoxManage showvhinfo no VirtualBox 3.1.6.)
E isso finalmente resolveu o problema, ou seja, consegui criar uma nova sessão do VirtualBox usando o vdi.
Espero que esta nota ajude quem enfrenta o mesmo problema.