Você pode simplesmente renomear o diretório que representa a caixa. Se seus arquivos vagrant estiverem em seu diretório padrão (por exemplo, /path/to/your/home/.vagrant.d), basta fazer:
mv vagrant_path/boxes/box_to_rename vagrant_path/boxes/new_box_name
Certifique-se também de alterar o Vagrantfile para usar o novo rótulo da caixa. Você só precisa alterar a diretiva config.vm.box
para refletir as alterações.