Porque %PATHEXT% está definido como .COM;.EXE;.BAT;.CMD;.VBS;.VBE;.JS;.JSE;.WSF;.WSH;.MSC por padrão. Observe como ele contém .js .
Isso significa que, se você digitar um nome, o CMD procurará arquivos com essas extensões anexadas, nessa ordem, na pasta atual. Somente depois disso, será considerado o que está em %PATH% . Esse comportamento não pode ser alterado. Você pode modificar %PATHEXT% , como qualquer outra variável de ambiente.