A mensagem é enganosa. Ele procura se a atualização pode ser instalada ou se a atualização não é mais necessária (substituída).
Line #, DPC/ISR, Process, Stack Tag, Stack, Count, TimeStamp, % Weight
10, , , , wuaueng.dll!CUpdatesToPruneList::PopulateSupersedenceInfo, 31521, , 43,72
11, , , , wuaueng.dll!CUpdatesToPruneList::AddSupersedenceInfoIfNeeded, 31521, , 43,72
O WUSA.exe, que é usado para instalar atualizações do MSU, é apenas um wrapper para o Windows Update. Depois que o Windows Update instala uma atualização, ele trava novamente em um loop para verificar se as atualizações se aplicam ou não e essas verificações são inúteis depois que uma instalação e esse loop o impedem de instalar outras atualizações de MSU.
Para acelerar a instalação, pare o serviço WindowsUpdate via GUI (services.msc) ou via linha de comando elevada (executando como admin) ( net stop wuauserv
). Agora o loop está parado e as atualizações são instaladas mais rapidamente.
Instale a primeira atualização do MSU, pare o serviço WindowsUpdate novamente e instale o segundo arquivo MSU.
Eu também criei um script com enums todos os arquivos MSU na mesma pasta que o CMD e os instalo e paro o WU serviço sempre próprio para acelerar a configuração.