Eu simplesmente sugiro pegar a pasta com os arquivos parcialmente acabados e movê-la para o Ubuntu. em seguida, adicione o torrent ao seu programa lá.
lembre-se de colocá-lo na pasta onde seus arquivos torrent incompletos estão armazenados. (é o mesmo para mim).
a idéia básica é simplesmente copiar tudo, os arquivos e o torrent.