Bem, descobri qual era o problema ...
Instalei o SpaceSniffer e inicialmente ele me deu os mesmos números que o WinDirStat, mas também me deu alguns avisos sobre alguns diretórios que ele não sabia ler e entre eles um diretório de backup do Lenovo RRbackups que achei que não estava lá já que nem o Windows Explorer nem o WinDirStat foram exibidos.
Então, eu executei a ferramenta novamente, mas com privilégios de Administrador e voila, ela encontrou o grande ... arquivo GB dentro do diretório RRbackups que o utilitário da Lenovo cria e que eu não pude ver antes. Acontece que alguém executou a ferramenta de backup sem que eu soubesse.
Eu deveria ter suspeitado que era um problema de permissão, mesmo que eu estivesse conectado com uma conta que seja membro do grupo de administradores. Maneira de ir Microsoft com o Windows 7, um grupo de administradores que não tem privilégios de administradores .... vai descobrir ...
Obrigado a todos pelas dicas ...