Você precisará configurar um script de registro que fará as alterações normalmente feitas por meio do Painel de Controle e mesclá-lo para ativar o proxy. Você também precisaria de um script de registro "desfazer" para desabilitar as alterações.
No meu caso, eu tenho dois scripts, enable.reg e disable.reg:
Ativar proxy:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings]
"AutoConfigURL"="http://10.10.10.1/autoproxy/proxy.pac"
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Connections]
"DefaultConnectionSettings"=hex:16,00,00,00,05,02,00,00,0d,00,00,00,0e,00,00,\
00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00
"SavedLegacySettings"=hex:36,00,00,00,46,1a,00,00,0d,00,00,00,0e,00,00,00,32,\
00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00
Desativar proxy:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings]
"AutoConfigURL"=-
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Connections]
"DefaultConnectionSettings"=hex:16,00,00,00,05,02,00,00,0d,00,00,00,0e,00,00,\
00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00
"SavedLegacySettings"=hex:36,00,00,00,46,1a,00,00,0d,00,00,00,0e,00,00,00,32,\
00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00
No script "desativar", o =-
no final do AutoConfigURL na verdade exclui a chave do registro.
Observe que os valores acima são modificados para os propósitos desta resposta. Os valores hexadecimais reais são muito mais longos.
Para usar esses scripts, eu tinha um arquivo de lote para cada um, parecido com isto:
@echo off
start /min reg import C:\Path\To\Registry\File\enable_proxy.reg
Isso é totalmente viável na linha de comando.