Você pode definir o valor do registro HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\kernel\ dword:ObCaseInsensitive como 0 , como outros autores sugeriram. Crie um arquivo chamado add.reg com o seguinte conteúdo e execute-o.
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\kernel]
"obcaseinsensitive"=dword:00000000
Em seguida, use Cygwin para trabalhar com nomes de arquivos que diferenciam maiúsculas de minúsculas.
Para fazer isso, você precisa montar sistemas de arquivos NTFS com a opção posix=1 no seu /etc/fstab , como este artigo sugere. Aqui está um trecho do meu fstab :
none /cygdrive cygdrive binary,posix=1,user 0 0
C: /cygdrive/c ntfs binary,posix=1,user,auto 0 0
C:/Users /home ntfs binary,posix=1,user,auto 0 0
Quando o processo acima estiver concluído, você poderá lidar com nomes de arquivos com distinção entre maiúsculas e minúsculas usando bash , mc , git etc.