Você obviamente não pode contar novas linhas se o arquivo ainda estiver compactado.
Mas você pode descomprimir para um fluxo e contar as novas linhas nesse fluxo, sem nunca gravar o arquivo (descompactado) no disco. Isso seria algo assim:
zcat file.gz | wc -l
zcat para descomprimir & gato, wc para wordcount. Veja man pages para ambos se você quiser saber mais.
EDITAR
Se você não tiver zcat, o zcat é apenas outro nome para gunzip -c
.