Sim, um site pode detectar que o Adblock Plus é instalado referenciando um arquivo Javascript conhecido por ser bloqueado pelo Adblock Plus (porque ele corresponde a uma regra padrão) e verificar se esse código JavaScript foi executado, verificando uma variável, por exemplo.
Veja uma explicação aqui: Como detectar o Adblock Plus
E mais detalhes na Wikipedia: Adblock - Detecção .