Meu favorito pessoal é Autoruns da Sysinternals (Microsoft). Ele vai muito além de apenas extensões de shell e abrange várias áreas nas quais códigos de terceiros podem ser executados.
Supondo que você tenha feito uma verificação de vírus e não tenha entendido, talvez queira assistir a este excelente vídeo de Mark Russinovich em técnicas avançadas de limpeza de malware .