Quando você clica no ícone da barra de tarefas, o aplicativo precisa primeiro iniciar e depois verificar se outro processo do programa está sendo executado. Se assim for, coloca o processo em primeiro plano e termina em si.
Mas ao clicar no ícone da pequena bandeja do sistema, você já tem um processo associado, que será colocado em primeiro plano. Nenhum aplicativo ou programa tenta iniciar neste caso.