Isso deixará a janela do console aberta mesmo após o término do MyApp.exe:
cmd /K "C:\SomeFolder\MyApp.exe"
Você pode criar um atalho com o acima. Essa solução funciona com todos os programas de console e não exige que você passe pelo Prompt de Comando toda vez (ou modifique o exe original que normalmente não é possível).
Aliás, a opção /K
existe desde os dias do NT :-p