Esta irritante invasão do sistema é causada por um mau recurso do Windows Vista (uma porcaria) chamado SuperFetch. Embora o serviço ainda exista no Win7, ele já foi consertado e parece não atrasar mais, embora sua milhagem possa variar.
Depois de desabilitar essa porcaria, na janela Serviços (digite Serviços na caixa de pesquisa do menu Iniciar, localize Superfetch, pare-o e desabilite-o da inicialização automática), esses congelamentos desaparecem. Em sistemas com RAM suficiente e throughput de disco, a superfetch resulta em um aumento líquido no desempenho do sistema. No meu laptop, a ativação do SuperFetch resulta em congelamentos periódicos do sistema, nos quais ele não responde aos cliques do mouse. Eu pensei que estava enlouquecendo, mas era parte das coisas que as pessoas que trouxeram para você o UAC e outras grandes inovações lançaram no Vista. Acho que foi retrabalhado ou descartado no Win7, por isso não será feito.
Atualizar O comentarista diz que vê isso no Win7. Eu ainda tenho que encontrar um problema com o Win7 em laptops, mas, em seguida, todos os meus laptops têm unidades de 7200 RPM de alto desempenho ou unidades de estado sólido ou híbridas. Eu gostaria de ouvir em comentários de pessoas que têm este problema com SuperFetch abrandar uma máquina de DESKTOP com uma unidade convencional de 7200 RPM, ou SSD. (Eu poderia imaginar isso acontecendo em um cão de um disco rígido com uma velocidade de rotação de eixo de 5400 RPM.)
Update2 Parte do problema com o Windows é que ele reporta apenas o processo pai svchost.exe, e você precisa ler a outra resposta abaixo que o direciona para o SysInternals Process Explorer, que ajuda você para descobrir o que a coisa real dentro do svcchost.exe (como o superfetch ou o windows update ou qualquer outra coisa) está realmente reduzindo a velocidade da sua máquina.