De acordo com esta página:
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IA64 refere-se à arquitetura Itanium de 64 bits, enquanto x64 é a extensão de 64 bits da arquitetura x86.
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O IA64 é exclusivo da Intel, enquanto o x64 é usado por todos.
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O IA64 foi projetado para aplicativos de servidor de ponta, enquanto o x64 foi inicialmente destinado a desktops, mas foi ampliado.
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Os sistemas IA64 não são capazes de executar aplicativos x86 antigos, enquanto a maioria dos sistemas x64 é.
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O IA64 é muito lento para adotar novas tecnologias de computação, enquanto o x64 é muito rápido.
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O IA64 não seria mais suportado pelas versões mais recentes do Microsoft Windows, enquanto o x64 ainda seria suportado.